Στο Μουσείο έχει οριστεί συγκεκριμένος χώρος για τη φιλοξενία περιοδικών εκθέσεων που απευθύνονται όχι μόνο στους εξειδικευμένους επιστήμονες και τους φοιτητές, αλλά και στο ευρύτερο κοινό. Έως σήμερα έχουν διοργανωθεί πολυάριθμες εκθέσεις με θέματα που παρουσιάζουν μεγάλη ποικιλία και καλύπτουν χρονολογικά και γεωγραφικά σχεδόν ολόκληρο τον αρχαίο ελληνορωμαϊκό κόσμο. Ενδεικτικά, αναφέρονται παρακάτω ορισμένες μόνον από τις περιοδικές εκθέσεις που φιλοξενήθηκαν κατά καιρούς στο χώρο του Μουσείου.
