Το Μουσείο Εκμαγείων του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης λειτουργεί από το τέλος της δεκαετίας του 1930. Σήμερα διαθέτει μία συλλογή εκμαγείων μαρμάρινων και πήλινων πρωτοτύπων και αντιγράφων έργων μεταλλοτεχνίας που ξεπερνά τα 700 έργα. Τα πρωτότυπα έργα βρίσκονται σε διάφορα Μουσεία της Ελλάδας και του εξωτερικού και ανήκουν σε όλες τις χρονικές περιόδους της αρχαιότητας στον ελλαδικό γεωγραφικό χώρο, από τη μινωική εποχή έως την βυζαντινή εποχή. Ανάμεσα στα εκθέματα του Μουσείου ξεχωριστή θέση κατέχουν ορισμένα εξαιρετικής σημασίας εκμαγεία, όπως αυτά του κολοσσιαίου κούρου του Σουνίου, των εναέτιων συνθέσεων του ναού του Διός στην Ολυμπία, ανάγλυφων πλακών από τη ζωφόρο του Παρθενώνα και το τόξο του Γαλέριου στη Θεσσαλονίκη, αλλά και τα γαλβανοπλαστικά αντίγραφα μινωικών και μυκηναϊκών έργων τέχνης.
Εκτός από τα εκμαγεία και τα αντίγραφα, το Μουσείο διαθέτει επίσης μία συλλογή πρωτότυπων έργων της αρχαιότητας, η οποία αριθμεί σήμερα πάνω από 1500 αντικείμενα. Πρόκειται κυρίως για πήλινα έργα, όπως αγγεία και έργα μικροτεχνίας της γεωμετρικής, αρχαϊκής και κλασικής περιόδου, ορισμένα από τα οποία είναι ενδεικτικά για τον χώρο της Μακεδονίας, όπως τα ευρήματα από την επιφανειακή έρευνα του D. H. French. Λιγότερα είναι τα πρωτότυπα λίθινα έργα γλυπτικής. Επίσης, διαθέτει μία μικρή συλλογή πρωτότυπων νομισμάτων της ελληνορωμαϊκής και βυζαντινής περιόδου.
Παράλληλα, έχουν συγκροτηθεί σημαντικά αρχεία φωτογραφιών αρχαίων έργων γλυπτικής.
Η λειτουργία και οι δραστηριότητες του Μουσείου έχουν σκοπό κυρίως εκπαιδευτικό και ερευνητικό, ταυτόχρονα όμως απευθύνονται και στο ευρύτερο κοινό. Το Μουσείο διαθέτει ένα μικρό αμφιθέατρο εφοδιασμένο με εποπτικά μέσα για τη φιλοξενία μαθημάτων, σεμιναρίων και διαλέξεων.
Το Μουσείο Εκμαγείων λειτουργεί σήμερα ως κέντρο έρευνας, διδασκαλίας και πρακτικής άσκησης προπτυχιακών και μεταπτυχιακών φοιτητών. Επιπλέον, ιδιαίτερα έμφαση δίνεται κατά τα τελευταία χρόνια στον επιμορφωτικό και κοινωνικό του ρόλο, καθώς αντιμετωπίζεται παράλληλα ως εκπαιδευτικό κέντρο για τους μαθητές και το ευρύτερο κοινό.
Το Μουσείο έχει δωρεάν είσοδο και είναι επισκέψιμο για το ευρύτερο κοινό κατά τις εργάσιμες μέρες από τις 8:30 έως τις 14:30. Μία σειρά έντυπων οδηγών με κείμενα εισαγωγικού χαρακτήρα σε συνδυασμό με καταλόγους έργων δίνουν τις πρώτες βασικές πληροφορίες. Παράλληλα οργανώνονται ξεναγήσεις για διάφορες ομάδες επισκεπτών.