Η ιδιαίτερη σημασία της ύπαρξης του Μουσείου Εκμαγείων στον χώρο του Πανεπιστημίου εντοπίζεται στις δυνατότητες που παρέχει για την άσκηση των φοιτητών του Αρχαιολογικού Τομέα, κυρίως στην αρχαία ελληνική και ρωμαϊκή πλαστική αλλά και στην κεραμική και μικροτεχνία. Τα εκμαγεία των πλαστικών έργων δίνουν στον προπτυχιακό και μεταπτυχιακό φοιτητή την ευκαιρία να έλθει σε επαφή με έναν αρκετά μεγάλο αριθμό σημαντικών μνημείων, που βρίσκονται κυρίως σε ελληνικά μουσεία (Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, Μουσείο Ακρόπολης, Δελφών, Πειραιά, Βραυρώνας, Ολυμπίας κα.) αλλά και σε ορισμένα ευρωπαϊκά (Βερολίνου, Κοπεγχάγης, Μονάχου κ.α.) και να ασκηθεί επάνω σε ζητήματα που αφορούν διάφορες κατηγορίες γλυπτών.
Παράλληλα, οι διάφορες δραστηριότητες και οι εκδηλώσεις του Μουσείου απευθύνονται τόσο στους προπτυχιακούς και όσο και στους μεταπτυχιακούς φοιτητές του Τμήματος. Στο αμφιθέατρο της αίθουσας Κ. Ρωμαίου πραγματοποιούνται συστηματικά φροντιστηριακά μαθήματα και ειδικά σεμινάρια για προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές, ενώ στο εαρινό εξάμηνο κάθε έτους οργανώνεται πρόγραμμα ξεναγήσεων για φοιτητές.
Στο εργαστήριο του Μουσείου πραγματοποιείται μέρος της πρακτικής άσκησης των φοιτητών του Τμήματος. Η άσκηση περιλαμβάνει καταγραφές, αρχειοθέτηση και μελέτη του υλικού, αρχαιολογικού αλλά και φωτογραφικού, που φυλάσσεται στο Μουσείο.
Ένας από τους στόχους του Μουσείου Εκμαγείων είναι ο προσανατολισμός μέρους των μεταπτυχιακών διπλωματικών ερευνών του πρώτου και δεύτερου κύκλου που εκπονούνται από φοιτητές του Αρχαιολογικού Τομέα προς θέματα που αφορούν τη μελέτη του πρωτότυπου υλικού που φυλάσσεται στο Μουσείο. Η εκπόνηση αυτών των μεταπτυχιακών και διδακτορικών διατριβών είναι δυνατό να υποστηριχτεί από τον εξοπλισμό είτε του εργαστηρίου που διαθέτει το ίδιο το Μουσείο είτε των εξειδικευμένων εργαστηρίων με τα οποία το Μουσείο συνεργάζεται.
