Το Μουσείο Εκμαγείων απευθύνεται στους μαθητές των σχολείων με την οργάνωση ξεναγήσεων για παιδιά προσχολικής, πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Σκοπός του εκπαιδευτικού προγράμματος για παιδιά προσχολικής ηλικίας είναι η γνωριμία των παιδιών με την καθημερινή ζωή στην αρχαιότητα. Μας δίνεται η ευκαιρία να συζητήσουμε για πτυχές της καθημερινότητας των αρχαίων μέσα από την παρατήρηση των χρηστικών αντικειμένων που εκτίθενται στο Μουσείο, όπως κεραμικά σκεύη, πήλινα ειδώλια, εξαρτήματα αθλητών, νομίσματα και όπλα. Τα παιδιά σχολικής ηλικίας εξοικειώνονται μέσω της παρατήρησης των εκθεμάτων του Μουσείου και της διαλογικής προσέγγισης με την καθημερινή ζωή και τις συνήθειες στην αρχαία Ελλάδα, τις διάφορες εκφράσεις της τέχνης (κυρίως αγγειογραφία και γλυπτική), τις δοξασίες σε σχέση με το θάνατο και τα έθιμα ταφής. Κατά την τελευταία τριετία σχεδιάστηκαν και υλοποιήθηκαν τέσσερα διαφορετικά ως προς το περιεχόμενο και τους στόχους τους προγράμματα για παιδιά και εφήβους, προσαρμοσμένα ανάλογα στο μαθησιακό επίπεδο της κάθε ηλικίας.
