Η έκθεση στις αίθουσες του Μουσείου είναι οργανωμένη κατά το δυνατό σε χρονολογικές και γενικές θεματολογικές ενότητες (πρωτότυπα έργα κεραμικής και μικροτεχνίας, πρωτότυπα νομίσματα και αντίγραφα νομισμάτων, αντίγραφα έργων μικροτεχνίας, γύψινα εκμαγεία έργων γλυπτικής).
Αίθουσα Χρ. Τσούντα
- Συλλογή αντιγράφων προϊστορικής περιόδου
- Συλλογή πρωτότυπων έργων κεραμικής και μικροτεχνίας
- Εκμαγεία από τη ζωφόρο του Παρθενώνα
- Εκμαγεία γνωστών έργων γλυπτικής της αρχαϊκής και της κλασικής περιόδου
- Νομισματική συλλογή
- Αντίγραφα τοιχογραφιών από παλαιοχριστιανικό τάφο της Θεσσαλονίκης
Αίθουσα Κ. Ρωμαίου
- Κούρος του Σουνίου
- Εκμαγεία των αετωματικών γλυπτών του ναού του Διός στην Ολυμπία
- Συλλογή ιδεαλιστικών έργων της κλασικής και ελληνιστικής περιόδου
- Συλλογή πορτρέτων της ελληνιστικής περιόδου
- Εκμαγεία των ανάγλυφων πλακών του τόξου του Γαλερίου στην Θεσσαλονίκη
- Εκμαγεία των κιονοκράνων του ναού του Αγίου Δημητρίου στη Θεσσαλονίκη
- Χώρος περιοδικών εκθέσεων
- Αμφιθέατρο
- Όροφος αίθουσας Κ. Ρωμαίου: συλλογή εκμαγείων γλυπτών έργων της αρχαϊκής εποχής
- Προθάλαμος αίθουσας Κ. Ρωμαίου: συλλογή αυτοκρατορικών πορτρέτων