Με πυρήνα το Μουσείο Εκμαγείων και το αμφιθέατρό του, χωρητικότητας περίπου 70 ατόμων, οργανώνονται σε τακτά διαστήματα επιστημονικές συναντήσεις, όπως ημερίδες, colloquia και διαλέξεις, για θέματα σχετικά με τον αρχαίο ελληνορωμαϊκό, βυζαντινό ή νεότερο ελληνικό πολιτισμό. Οι προσκλήσεις για τη συμμετοχή στις επιστημονικές αυτές συναντήσεις απευθύνονται τόσο σε Έλληνες όσο και σε ξένους επιστήμονες. Προσφέρεται μάλιστα η δυνατότητα οι εργασίες που παρουσιάζονται στο πλαίσιο των παραπάνω συναντήσεων να δημοσιεύονται στο περιοδικό «Εγνατία», την ετήσια επιστημονική επετηρίδα του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας.
